A fontosabb tényleges nemzetközi együttműködő partnerek az egyes projektekben: Università della Tuscia (Prof. Matteo Sanfilippo, Prof. Alessandro Boccolini), Istituto Nazionale di Studi Romani (Prof. Gaetano Platania), Universität Wien (Institut für Historische Theologie, Prof. Rupert Klieber), Università Pontificia Gregoriana (Facoltà di Storia e Beni Culturali della Chiesa, Prof. Roberto Regoli, Prof. Silvano Giordano), Deutsches Historisches Institut in Rom, (Prof. Alexander Koller, Prof. Andreas Rehberg), Università Pontificia della Santa Croce (Prof. Carlo Pioppi, Prof. Johannes Grohe), Römisches Institut der Görres Gesellschaft (Prof. Stephan Heid), Gesellschaft für Konziliengeschichtsforschung, Istituto Storico Austriaco a Roma (Prof. Andreas Gottsmann), Istituto Giuridico Claretiano, Pontificio Comitato di Scienze Storiche, végül a Biblioteca Apostolica Vaticana (Christine Maria Grafinger), kiemelten és átfogóan pedig az Archivio Apostolico Vaticano (S.E. Mons. Sergio Pagano).
A Fraknói Kutatócsoport külföldi kiadványainak állandó kiadója a Casa Editrice Sette Città (Viterbo). A Bischofslexikon esetében: Duncker & Humblot (Berlin)
A Kutatócsoport munkájába a külföldi partnerek mellett számos magyar (akadémiai, egyetemi, egyházi és közgyűjteményi) kutatóhelyről vonunk be kollégákat. Stratégiai kooperációs partner a BTK Moravcsik Gyula Intézet, melynek Hungarica osztálya 2020-tól a módszeres vatikáni forrásfeltárás új pillére, és 2022-től a CVH szakmai társkiadója. Kiemelt intézményi együttműködést folytatunk a Bécsi Magyar Történeti Intézettel, illetve a Bécsi Magyar Levéltári Kirendeltséggel (Oross András). Kiadványsorozatuk (PUGiW) a CVH bázisán jött létre 2009-ben Fazekas István és Tusor Péter kezdeményezésére. Bekapcsolódtunk több akadémiai és egyetemi OTKA-kutatócsoport tevékenységébe is (K 81 430, NK 83 799, K 81 948 stb.). A Lendület-program pályázati kiírásának megfelelően kutatásainkhoz OTKA-támogatást is hasznosítottunk (NN 82 307).
A vatikáni kutatások terén munkakapcsolatban állunk a nyíregyházi Görögkatolikus Örökség Kutatócsoportal, az itáliai Hungarica-feltárásban a PPKE Vestigia Kutatócsoporttal, az utánpótlásnevelés területén a PPKE Kubinyi András Történész Műhellyel, a tudománynépszerűsítés érdekében pedig a Újkor.hu-val.
Az akadémiai, illetve támogatott kutatócsoporti hálózatban fő konzulenseink: MTA-ELTE-PPKE Ókortudományi Kutatócsoport; MTA-PPKE Barokk Irodalom és Lelkiség Kutatócsoport. és a MTA-HIM-SzTE-MOL Magyar Medievisztikai Kutatócsoport. (Lásd őket külön is az "Együttműködő partnerek"-nél.) A működésünket segítő akadémiai, illetve kutatásszervező intézmények: MTA Támogatott Kutatócsoportok Irodája; MTA Titkárság, Kutatóintézeti Főosztály, illetve mindezek 2019/2022-től új néven működő jogutódai; valamint az ELKH.